Ar ôl brwydro am rai tymhorau yn y Gynghrair, a fflyrtio â diraddio yn 1996/7, fe gymerodd hi tan fis Chwefror i'r Du a'r Gwyrddion sicrhau buddugoliaeth gartref. Cafodd Aberystwyth dipyn o lwyddiant o’r diwedd yn 1998/9 wrth gymhwyso i gynrychioli Cymru yng nghystadleuaeth cwpan InterToto UEFA. Fe wnaethon nhw hyn yn rhinwedd gorffen yn bedwerydd yn y gynghrair ar 57 pwynt y tu ôl i’r Barri ar 76, Inter Cable-Tel ar 63 a Chwmbrân ddaeth yn drydydd ar wahaniaeth goliau.

Rheolwr, Meirion Appleton wedi gwneud lle i gyn chwaraewr canol cae Wolves, Derby County a Coventry City, Barry Powell.

Digwyddodd hyn hanner ffordd trwy’r tymor o ganlyniad i Aber yn chwalu 5-0 gartref i Gaersws mewn gêm gynghrair. Cymerodd Powell awenau'r clwb ac arweiniodd y Du a'r Gwyrddion i gystadleuaeth Ewropeaidd am y tro cyntaf. Roedd yn ddigwyddiad cofiadwy gydag Aberystwyth o drwch blewyn yn colli 3-4 dros ddau gymal yn erbyn Floriana o Malta.

Daeth llwyddiant cymhwyster Ewropeaidd â llawer o newidiadau i Goedlan y Parc. Stiwdio newydd gan y BBC a nenbontydd teledu, ac yna stondin newydd "Dias" a ddaeth â nifer y seddi yn y ddwy eisteddle i fyny i bron i 600. Mae stondin "Dias" yn cael ei enwi ar ôl arwr y clwb David "Dias" Williams sy'n dal record sgorio'r clwb o 476 gôl mewn dim ond 433 o gemau rhwng 1966 a 1983.

Roedd pwysau cynnal y safonau a gyflawnwyd ym 1999, ac uwchraddio parhaus y stadiwm yn gadael y clwb dan bwysau ariannol yn nhymor 2000/2001. O’r herwydd nid oeddent yn gallu ailadrodd y gamp o ennill angorfa Ewropeaidd, gan golli dim ond tri phwynt, er i’r clwb gael mynediad i gystadleuaeth cwpan Uwch Gynghrair CBDC am y drydedd flwyddyn yn olynol. Llwyddasant i symud ymlaen i rownd yr wyth olaf ddwywaith. Talodd Barry Powell y pris am ei fethiant i gymhwyso ar gyfer Ewrop, a gadawodd y clwb trwy gydsyniad.

Disodlwyd Powell ar ddechrau tymor 2001/2 gan Frank Gregan. Roedd gan Frank gefndir trawiadol iawn ym mhêl-droed di-gynghrair Lloegr ac fe’i pleidleisiwyd yn unfrydol i’r swydd fel rheolwr newydd cyn dechrau’r tymor. Roedd yn gyfrifol am ddod â nifer o chwaraewyr â phrofiad helaeth ym mhyramid Lloegr i mewn, ond fe gymerodd yn rhy hir iddo gynhyrchu unrhyw fath o gysondeb ar y cae chwarae. Pan gysylltwyd Gregan â chlwb adran Orllewinol Cynghrair Dr Martens, Weston-super-Mare - a dioddefodd y tîm ymadawiad cartref anwybodus o Gwpan Cymru yn nwylo cynghrair CC Sports Aberaman Athletic ym mis Hydref 2001 - roedd yr ysgrifen ar y wal i Mr Gregan. Cyfunwyd hyn gyda record wael oddi cartref ac ymadawiad o gamau olaf proffidiol cwpan Uwch Gynghrair CBDC yn nwylo Caersws.